医药化工行业的原料（辅料）、成品的种类繁多、生产过程复杂多样，许多药品化学结构比较复杂或者相互之间的化学差异较小，常规方法如：颜色反应、沉淀、结晶形成或UV-VIS等方法常常不足以相互区分。红外光谱法具有高度的专属性，是有机化合物领域定性分析时广泛应用的方法。在药品检验中，傅立叶红外光谱仪常与其它理化方法联合使用，作为有机药品的重要的鉴别方法。

       傅立叶红外光谱仪可以准确地对医药化工行业样品进行定性鉴别，且方法简单、便于操作，既适用于药品生产企业对各生产环节的质量控制，也适用于药品管理部门对药品质量进行检验。因此，可以说傅里叶红外光谱仪是医药化工类产品检测的诸多方法中最简单、有效的方法之一。

目前，红外光谱技术或者红外光谱与其他方法联用技术应用于疾病诊断的研究方兴未艾。通过对红外检测方法的改进有望实现对病理组织的活体分析，为疾病的快速、准确诊断作出重要支撑。同时，有望通过对组织或细胞的红外光谱图的解析去阐明疾病发生的机制及了解病程进展，这对临床医学具有积极的意义。与传统的病理学诊断以及价格昂贵的CT或磁共振波谱法相比较，FTIR是一种快速、准确、简便的诊断方法。